本系前身為省立花蓮師範學院「初等教育學系」（以下簡稱「初教系」），成立於1987年，以培養健全之國民小學師資，教育行政與教育學術研究人才為宗旨。2006年8月起，配合師範學院改名為教育大學，「初等教育學系」也同時改名為「教育學系」，維持大學部兩班。但為配合全校一系一班之校務規劃，教育學系則分成兩系，行政組另成立「教育行政與管理學系暨行政領導研究所」；另一系為課程設計與潛能開發學系。本系為滿足現代化文教事業及各行業教育部門管理人才需求，特於2007年8月更名為「教育行政與管理學系（含碩士班）」，並且成為非師資培育之學系。

在2008年花蓮教育大學與東華大學合校為一所綜合大學，教育學院各學系除研究各項教育學術理論外，也負責國民中小學師資培育。因此自99學年度起，報教育部核定本系由非師資培育轉為師資培育之學系，培育目標更多元化與專業化，以培育國小師資為主，同時肩負培育學校行政以及相關文教領域的專業人才，另於101學年度起將學校行政碩士學位班轉型為碩士在職專班，提供現任教師及教育相關從業人員的在職進修課程，增加修業學生的多元視野。教育目標除繼續強化培育國小師資素質，將與鄰近地區的小學，進行教學實習交流和研究，並希望與其他師資培育大學進行教育學術交流和互訪，擴展視野提升績效。本系所延聘的師資均學有專精，對於教學、研究、服務及輔導工作充滿熱誠，師生像個大家庭，齊心協力創造未來，是一個充滿溫馨與行政效率卓越的單位。